Fundada em 1° de dezembro de 1920 com o nome de Escola Profissional, funcionou por muitos anos no quartel do Regimento Marechal Caetano de Farias, atual sede do Batalhão de Polícia de Choque da PMERJ. Ainda naquele aquartelamento, recebeu, em 1951 o nome de Escola de Formação de Oficiais e em 1956 começa a entregar aos seus alunos o Espadim de Tiradentes, instituído por decreto presidencial. No início da década de 1960, foi transferida para a Invernada do Campo dos Afonsos, em área pertencente ao Centro de Formação e Aperfeiçoamento de Praças 31 de Voluntários, unidade a que permanece subordinada até 1967, quando consegue sua autonomia administrativa. Nesse período formou além dos oficiais da Polícia Militar, oficiais do Corpo de Fuzileiros Navais da Marinha do Brasil.

Em 1975, devido à fusão dos estados do Rio de Janeiro e da Guanabara, recebe o contingente de alunos-oficiais (cadetes) advindos da Escola de Formação de Oficiais da antiga PMRJ. No ano de 1998, por decreto do governador do estado do Rio, recebe o nome atual, Academia de Polícia Militar Dom João VI, em homenagem ao criador da Polícia Militar do Estado do Rio de Janeiro, em 13 de maio de 1809. Em 2017 recebe a primeira turma de cadetes bacharéis em direito.